短期情况：一般为 30 天至 90 天。比如在一些简单的货物采购交易中，如果预付款主要用于供应商进行原材料采购等前期准备工作，且整个交易周期较短，预付款保函期限可能设定为 30 天至 60 天；在一些常规的小型工程项目中，预付款用于施工方进场筹备等工作，期限可能在 60 天至 90 天。
交易情况变化：若基础交易因不可抗力、市场变化等因素导致预付款使用周期改变，双方可协商调整保函期限。如在工程建设中，因自然灾害导致工程延期，预付款使用时间延长，双方可协商延长保函期限。
项目进度调整：若项目提前或推迟完成，预付款的返还或抵扣时间也会相应变化，此时可协商调整保函期限。如项目提前完工，预付款提前抵扣完毕，可协商提前终止保函期限。
从风险保障角度看
预付款保函的核心作用是保障预付款的，确保在申请人未能按照合同约定使用预付款或履行相应义务时，受益人能够得到补偿。即使预付款已经使用完毕，但在项目执行过程中可能还存在其他与预付款相关的潜在风险，如因申请人原因导致项目中途停滞、质量不达标等情况，可能需要用预付款进行弥补或扣除相应款项，所以保函期限超过预付款使用期限能为受益人提供更的风险保障。